更新してない間にコメントありがとうございます｡｡
不要そうなコメントは消しましたが｡｡｡

LilithでMP3エンコードの点ですが、
http://www.rarewares.org/mp3.phpより、
LAME Bundles→LAME 3.97をダウンロード、適当に解凍。

Lilithを起動し、ファイルの変換→設定で
ExternalProcessを選択、
プロパティ→参照で先ほど展開した中のlame.exeを指定し、
http://n2hiro.dip.jp/~hiro/sb/log/memo/pc/eid147.htmさんに書かれてある通り、
コマンドラインオプション内に
"--preset" "standard" "%FilePath%%FileName%%FileExt%" "--add-id3v2" %#"--tt" "%>%Title%" %<"--ta" "%>%Artist%" %<"--tl" "%>%Album%" %<"--ty" "%>%Date%" %<"--tc" "%>%Comment%" %<"--tg" "%>%Genre%" %<"--tn" "%>%Track%" %<"%FilePath%%Title%.mp3"
を記入。
赤字部分を変えることでビットレートの変更可能。
insaneでCBR320kbps、
extremeでVBR最高音質？
詳しくはLame同梱のPresets.html参照。

後は同じように変換です。

Ape+Cue2MP3の所に書き加えておきます。